К 3 марта комендант крепости, считая дальнейшее сопротивление бесполезным, сложил оружие. В плен, причем на почетных условиях сдачи (французам разрешалось покинуть остров с обещанием не участвовать в боевых действиях в течение 18 месяцев), попало 2931 человек, в том числе 4 генерала. Военными трофеями победителей стали 114 мортир, 21 гаубица, 500 пушек, 5500 ружей, 37 394 бомбы, 137 тысяч ядер и т. д. В порту Корфу были захвачены линейный корабль «Леандр», фрегат «Брюне», бомбардирское судно, 2 галеры, 4 полугалеры, 3 купеческих судна и несколько других кораблей. Потери союзников составили около 298 человек убитыми и ранеными, из которых 130 русских и 168 турок и албанцев. За этот штурм император Павел произвел Ушакова в адмиралы и наградил бриллиантовыми знаками ордена Святого Александра Невского, неаполитанский король - орденом святого Януария 1-й степени, османский султан - челенком, вышей наградой Турции.